Het Bedrijvenschap Hoefweg bestaat uit een Algemeen Bestuur en een Dagelijks Bestuur. De twee bestuursorganen worden gevormd door vertegenwoordigers van de gemeenten Lansingerland en Zoetermeer. Het Algemeen Bestuur heeft een directeur en een secretaris benoemd om de dagelijkse gang van zaken in goede banen te leiden.
Daarnaast is er een projectbureau met medewerkers van verschillende disciplines. De provincie Zuid-Holland houdt toezicht op de financiële gang van zaken, onder meer door het beoordelen van de begroting en de jaarrekening van het Bedrijvenschap Hoefweg. Dit gebeurt nadat beide gemeenteraden hun mening over deze financiële stukken hebben kunnen geven.
